پدرش امام هفتم شيعيان حضرت موسي بن جعفر عليه السلام و مادرش حضرت نجمه بود كه به علت پاكي و طهارت نفس به او طاهره مي گفتند.حضرت معصومه در 28 سالگي و در روز دوازدهم ربيع الثاني سال 201 هجري قمري در قم به شهادت رسيد كه امروز بارگاه ملكوتي و مرقد مطهرش همچون خورشيدي در قلب شهرستان قم مي درخشد و همواره فيض بخش و نورافشان دلها و جانهاي تشنه معارف حقاني است.

 آن حضرت در واقع بتول دوم و جلوه اي از وجود حضرت زهرا سلام الله عليها بود.در طهارت نفس امتيازي خاص و بسيار والاداشت كه امام هشتم برادر تني آن حضرت او را (كه نامش فاطمه بود) معصومه خواند.فرمود: «من زار المعصومة بقم كمن زارني» : (كسي كه حضرت معصومه عليها سلام را در قم زيارت كند مانند آن است كه مرا زيارت كرده است).

مقام علم و عرفان او در مرحله اي است كه در فرازي از زيارتنامه غير معروف او چنين مي خوانيم: «السلام عليك يا فاطمه بنت موسي بن جعفر و حجته و امينه» ‍:  (سلام بر تو اي فاطمه دختر موسي بن جعفر و حجت و امين از جانب موسي بن جعفر).و باز مي خوانيم: «السلام عليك ايتها الطاهرة الحميدة البرة الرشيدة التقية الرضية المرضية»: (سلام بر تو اي بانو پسنديده نيك سرشت، اي بانوي رشد يافته، پاك طينت، پاك روش، شايسته و پسنديده).بدين لحاظ و مقامات عالي معنوي آن بانوست كه حضرت رضا عليه السلام در فرازي از زيارتنامه معروفش به ما آموخته كه در كنار مرقدش خطاب به او بگوييم: «يا فاطمه اشفعي لي في الجنة فان لك عندالله شانا من الشان».

(اي فاطمه! در بهشت از من شفاعت كن چرا كه تو در پيشگاه خداوند داراي مقامي بس ارجمند و والا هستي).امام صادق عليه السلام سالها قبل از ولادت حضرت معصومه عليها سلام  در توصيف قم سخن گفته و آن مكان را حرم خاندان رسالت خوانده بود. آنگاه فرمود: به زودي بانويي از فرزندانم به سوي آن كوچ كند كه نامش فاطمه دختر موسي بن جعفر است و با شفاعت او همه شيعيانم وارد بهشت مي شوند.

خاندان عصمت پيامبر در انتظار آن بودند كه اين دختر ممتاز چشم به اين جهان بگشايد تا قلب و روي آنان را به ديدار خود روشن و منور گرداند. آغاز ماه ذيقعده براي حضرت رضا عليه السلام و دودمان نبوت و آل علي عليه السلام پيام آور شادي مخصوص و پايان بخش انتظاري عميق و شور آفرين بود زيرا حضرت نجمه فرزندي جز حضرت رضا عليه السلام نداشت و مدتها پس از حضرت رضا نيز داراي فرزندي نشده بود.

از آنجا كه سال ولادت حضرت رضا عليه السلام يعني سال 148 هجري قمري و سال ولادت حضرت معصومه عليها سلام سال 173 و بين اين دو ولادت بيست و پنج سال فاصله بود و از طرفي امام صادق عليه السلام ولادت چنان دختري را مژده داده بود، از اين رو خاندان پيامبر بيصبرانه در انتظار طلوع خورشيد وجود حضرت معصومه عليها سلام بودند. 

هنگامي كه وي چشم به جهان گشود براستي كه آنروز براي اهل بيت عصمت بخصوص امام هشتم و حضرت نجمه سلام الله عليه روز شادي و سرور وصف ناپذير و از ايام الله بود زيرا اختري از آسمان ولايت و امامت طلوع كرده بود كه قلبها را جلا و شفا مي داد و چشمها را روشن مي كرد و به كانون مقدس اهل بيت عليهم السلام گرمي و صفا مي بخشيد

اين سوال كه پيامبر اسلام با آنكه چند فرزند دختر داشت چرا حضرت زهرا را بيشتر دوست مي داشت و به او بيشتر اعتبار مي داد. سوالي است كه درباره حضرت معصومه عليها سلام نيز صادق است كه چرا حضرت موسي بن جعفر عليه السلام با داشتن دختران بسيار به حضرت معصومه عليها سلام توجه مي كرد و در ميان آنها اين دختر به آن همه مقامات نايل شد. پاسخش اين است که در آيات قرآن و گفتار پيامبر و امامان به طور مكرر معيار, داشتن علم، تقوا و جهاد و ساير ارزشهاي والاي انساني است

براستي كه حضرت معصومه عليها سلام همچون جده اش حضرت زهرا سلام الله عليه در معيارهاي ارزشي اسلام يكه تاز عرصه ها و در علم و كمالات و قداست گوي سبقت را از ديگران ربوده بود. وي تافته اي ملكوتي و جدا بافته و ساختار وجودي او از ديگران ممتاز بود.همان گونه كه پيامبر (ص) در شان حضرت زهرا سلام الله عليها فرمود:‌ «فداها ابوها» : (پدرش به فدايش باد)، حضرت موسي بن جعفر عليه السلام نيز در شان حضرت معصومه عليها سلام فرمود: «فداها ابوها»حضرت معصومه عليها سلام همنام حضرت فاطمه زهراست دراين نام رازها نهفته است. يكي از رازها اين بود كه در علم و عمل از رقباي خود پيشي گرفته و ديگر اين كه از ورود شيعيان به آتش دوزخ جلوگيري مي نمايد.

 همچنين از نظر كمالات علمي و عملي بي نظير است ديگر اين كه گرچه مرقد مطهرش آشكار است و همانند مرقد مطهر حضرت زهرا سلام الله عليها مخفي نيست ولي مطابق مكاشفه اي كه براي بعضي از اولياي خدا روى داده امام باقر يا  امام  صادق عليهم السلام فرمودند: «كسي كه مرقد حضرت معصومه عليها سلام را زيارت كند به همان مقصودي نايل خواهد شد كه از زيارت قبر حضرت زهرا سلام الله عليها نايل مي شود. از ديگر مشابهت هاي حضرت معصومه عليها سلام به حضرت زهرا فداكاري ايشان در راه اثبات ولايت بود زيرا حضرت معصومه عليها سلام نيز آن چنان تلاش كرد که جان خود را فدا نمود و به شهادت رسيد.

يعني حضرت معصومه عليها سلام نيز با كارواني از حجاز به سوي خراسان براي ديدار چهره عظيم ولايتمداران عصر يعني برادرش حضرت رضا عليه السلام حركت كرده تا يار و ياور او باشد ولي در مسير هنگامي كه به سرزمين ساوه رسيد دشمنان خاندان نبوت در يك جنگ نابرابر بستگان و برادرش را به شهادت رساندند و با ريختن زهر در غذايش او را مسموم ساختند كه بيمار شد و به قم آمد و پس از شانزده روز سكونت در قم به شهادت رسيد

همان گونه كه حضرت زهرا سلام الله عليها با استدلالهاي متين و استوار، حقانيت ولايت حضرت علي عليه السلام را تبيين مي كرد، حضرت معصومه عليها سلام نيز چنين بود. رواياتي كه از آن حضرت نقل شده غالباً درباره امامت و ولايت علي عليه السلام است كه با اثبات ولايت او ولايت امـامـان معصوم نيز ثابت مي شود.

براي نمونه حضرت معصومه با چند واسطه از حضرت زهرا نقل مي كنند كه فرمود: پيامبر در شب معراج به بهشت رفت و بر روي پرده اي در قصر بهشت ديد كه چنين نوشته شده: «لااله الا الله محمدا رسوله علي ولي القوم» : (معبودي جز خداي يكتا و بي همتا نيست محمد رسول خدا و علي ولي و رهبر مردم است) و بر روي پرده درگاه قصر ديگري نوشته شده است: «شيعت علي هم الفائزون» (شيعيان علي رستگارند).نيز با چند واسطه از رسول خدا (ص) نقل مي كند كه فرمود:‌«الا من مات علي حب آل محمد مات شهيدا»: آگاه باشيد! كسي كه با حب آل محمد از دنيا برود شهيد از دنيا رفته است).

يكي از روايات او كه با چند واسطه به حضرت زهرا سلام الله عليها مي رسد اين است كه:‌حضرت زهرا سلام الله عليها فرمود: آيا سخن رسول خدا را فراموش كرده ايد كه در روز عيد غدير خم فرمود: هر كس من مولا و رهبر اويم علي هم مولا و رهبر او است و نيز به علي فرمود:‌ نسبت تو به من همانند نسبت هارون برادر موسي به موسي (ع) است.به اين ترتيب مي بينيم حضرت معصومه عليها سلام عالمه محدثه آل طه بود و قدم به جاي پاي حضرت زهرا سلام الله عليها گذاشت و همچون او در عرصه  جهاد و تلاش براي اثبات حق كوشيد تا جايي كه جانش را فداي ولايت نمود و شهد شهادت نوشيد.